Ο Κώστας Μπακογιάννης στις 15 Ιουλίου 2006 παντρεύεται την κύπρια επιχειρηματία Κάλλια Καμπουρίδου, με την οποία θα αποκτήσει δύο παιδιά: τον επτάχρονο σήμερα Παύλο και την πεντάχρονη Δανάη - O ίδιος δηλώνει εμφατικά ότι δεν θα 'θελε με τίποτα να ασχοληθούν με την πολιτική.
Τελικά ο Κώστας Μπακογιάννης και η σύζυγός του, Κάλλια Καμπουρίδου αποφάσισαν να χωρίσουν και να βάλουν τίτλους τέλους στον γάμο τους.
Μετά το χωρισμό από τη νόμιμη σύζυγό του κ. Κάλλια Καμπουρίδου, με την οποία έχει δύο παιδιά, έμπλεξε σε μια άλλη ιστορία, σε μια σχέση, καρπός της οποία είναι ένα ακόμη παιδί. Ένα κοριτσάκι το οποίο τώρα είναι μόλις 11 μηνών.
Πριν ακόμη γεννηθεί το παιδί, το ζευγάρι χώρισε. Ο Κ. Μπακογιάννης θέλησε να αναγνωρίσει το παιδί, όμως τα πράγματα δεν εξελίχθηκαν ομαλά όπως πίστευε.
Η μητέρα του παιδιού, που καθόλου ευχάριστα δεν δέχθηκε την απόφαση του χωρισμού τους, απαίτησε μια ιδιαίτερα υψηλή διατροφή για να δεχθεί να ομαλοποιηθεί η κατάσταση ανάμεσα στους δύο. Πρόκειται για την Μαίη Ζαννή, η οποία είναι εγγονή του αείμνηστου Γεωργίου Ράλλη, ο οποίος διατέλεσε πρωθυπουργός.
Θεωρείται ότι έχει οικονομική επιφάνεια, χαίρει ευρύτερης κοινωνικής αποδοχής και αντιμετωπίζεται ως καλή επαγγελματίας και ικανό πολιτικό στέλεχος. Έχει θητεύσει ως σύμβουλος της κ. Μπακογιάννη στο υπουργείο Εξωτερικών, ενώ στη συνέχεια ήταν στέλεχος και υποψήφια βουλευτής με τη Νέα Δημοκρατία και κάποιοι λένε πως εργάζεται στα γραφεία του κόμματος στη Συγγρού.
Το ποσό που ζητάει σύμφωνα με πληροφορίες η μητέρα φτάνει τα 6.000 μηνιαίως. Ο κ. Μπακογιάννης της ανακοίνωσε ότι δεν σκοπεύει να το δώσει, αφού τα μηνιαία του έσοδα είναι μόλις 1400 ευρώ από το μισθό του Δημάρχου.
Εκεί ακριβώς ξεκίνησε η δικαστική περιπέτεια των δύο πλευρών. Η Μαίη Ζαννή κατέθεσε αγωγή και ασφαλιστικά μέτρα, ζητώντας να της επιδικαστεί το συγκεκριμένο ποσό, επικαλούμενη την οικογενειακή κατάσταση της οικογένειας Μητσοτάκη.
Στρέφεται κατά της μητέρας του κ. Μπακογιάννη, της Ντόρας Μπακογιάννη, υποστηρίζοντας ότι εκείνη ως γιαγιά έχει την οικονομική δυνατότητα να συνεισφέρει για τη διατροφή και τα έξοδα ανατροφής του παιδιού.
Στο κείμενο της αίτησης, φέρεται ότι προσάπτει και γενικότερη αδιαφορία του Κώστα Μπακογιάννη απέναντι στο παιδί από την ημερομηνία της γέννησής του.
Ο έρωτας του με την Σία
Ένας χρόνος μαζί για τον Κώστα Μπακογιάννη και τη Σία Κοσιώνη. Ο Περιφερειάρχης Στερεάς Ελλάδος και η δημοσιογράφος, που δεν συνηθίζουν να διατυμπανίζουν τη σχέση τους και αποφεύγουν τις πολλές δημόσιες εμφανίσεις, προφανώς άρχισαν να νιώθουν πιο άνετα και να εξωτερικεύουν τον έρωτά τους, ενώ βρίσκονται σε δημόσιο χώρο.